Ač je Norimberský proces obecně přijímán jako nutná součást vyrovnání se s nacismem a jeho nezpochybnitelný pozitivní vliv na mezinárodní trestní právo, vyskytují se námitky proti způsobu jeho provedení a poukazy na to, že minimálně z právního hlediska nebyl v pořádku.

Seznam hlavních výtek proti legálnosti procesů:

• Diskutabilní nestrannost soudů, protože soudci byli jmenováni vítěznými mocnostmi, avšak například profesor Oxfordské univerzity A. L. Goodhart tomuto nařčení oponoval tímto tvrzením:

„Jakkoli tento argument může znít dobře v teoretické oblasti, opomíjí fakt, že se dostává do rozporu s provozováním práva v jakékoli zemi. Kdyby byl pravdivý, žádný vyzvědač by nemohl být postaven před soud, protože by byl souzen soudci nepřátelského státu. Přesto zatím ještě nikdo neprosazoval v takovýchto případech povolávat neutrální soudce. Vězeň má právo požadovat, aby jeho soudce byl spravedlivý, nikoli neutrální. Jak upozornil lord Writ, stejný princip je aplikovatelný na běžné trestní právo, jelikož: „lupič si nemůže stěžovat, že je souzen porotou složenou z poctivých občanů.“ („The Legality of the Nuremberg Trials“, Juridical Review, April, 1946. – přeloženo z enwiki)

• Porušení práva na rovnost stran. Zatímco obžaloba měla přístup ke všem zabaveným archivům a materiálům, z nichž si mohla libovolně vybírat důkazní materiál, obhajobě byl tento přístup odepřen a mohla tak pouze reagovat na selektovaný materiál předložený obžalobou.
• Zpětné uplatnění nově zavedených zákonů (zejména pak nově zavedeného zločinu přípravy útočné války), čímž byl porušen princip trestního práva law nullum crimen, nulla poena sine praevia lege poenali, což znamená, že nikdo nemůže být trestán za zločin, který nebyl v době jeho spáchání dosud definován zákonem.
• Určitou morální námitkou je i upozornění, že mnoha zločinů, za které byli němečtí politici a vojáci odsouzeni k smrti (genocida, příprava útočné války etc.), se dopouštěli (ovšem beztrestně) i vítězové, jejichž zástupci zasedli v soudním tribunálu (zejména SSSR). Zejména podstatná byla námitka, že hlavní sovětský soudce Nikitchenko měl významnou úlohu ve Stalinových demonstračních procesech v letech 1936-1938.
• Další problém byl viděn v tom, že jedno z obvinění zahrnovalo i spiknutí za účelem napadení Polska v roce 1939. V tajné protokoly německo-sovětské smlouvy o neútočení ze srpna 1939 bylo navrženo rozdělení Polska mezi Německo a SSSR, avšak sovětští vůdci za účast na spiknutí souzeni nebyli.
• Nejčastější námitky proti konkrétním rozsudkům jsou vznášeny v případě Alfreda Jodla, který byl v roce 1953 posmrtně plně rehabilitován, J. Streichera s poukazem na svobodu slova a admirála Karla Dönitze, v jehož prospěch svědčil u tribunálu i americký admirál Chester Nimitz.